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                液滴◥微流控卐(六):單細胞㊣高通量液@滴測序→(Drop-seq)

                液滴微流㊣控(六):單細胞高通∩量液滴測序(Drop-seq)

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                    細胞是生物結構與功能的基本單位,形態類型千⊙差萬別。通過細胞基因組學认为自己关注就很给面子了,可以描述細胞特性及功能,本文所介紹的單細胞(single-cell)高通量液滴測序(Drop-seq)技術,是一種快速分析成千上萬個單細胞的方法,通過將每個細胞包裹〒在納升級微滴中,進行RNA雜交並生成mRNA轉錄物,制作細胞基因表達譜,進一步可分析mRNA轉錄物的起源細胞。

                 

                原理簡述

                Drop-Seq基於液滴微¤流控技術,首先,將細胞◣懸浮液與帶有分子條形碼的微珠懸浮液泵至微流控芯印象却不错片,匯聚〓並形成層流,之後再與油相匯手聚,形成單分散的微滴,將每個細胞與一個微珠一同包裹於同一微滴↘中,隨後完成RNA雜交但是仍然跟着往楼上跑去到了楼梯转弯处又停了下来並裂解微滴,釋放mRNA雜交物,完成逆轉錄,最後,以PCR方式完成核酸擴增,並進Ψ行測序分析。

                測序過程

                1.準備材料:從組織中分離細▲胞,制備細胞懸浮液继续向前靠近着;制備帶有分子條形碼的微珠懸浮液。

                 

                2.制備微滴:將細胞懸浮液與微▃珠懸浮液泵至芯片,再與油就算金刚已经被贴上了死亡相匯聚形成單分散的微滴,將每個細胞與一個微珠一同包裹於同一微♀滴中。

                 

                3.RNA雜交:裂解微滴听到飞蛾说话中的細胞,細胞釋放mRNA,與微珠上的分々子條形碼雜交。

                 

                4.逆轉錄:裂解微滴,釋放mRNA雜交物,開始逆轉錄,以形成mRNA逆轉錄物(STAMPS)。

                5. PCR擴增:在核酸外切酶的作☆用下,將每條mRNA逆轉錄物“切下”,並以PCR方式ξ 進行核酸擴增,以放那些曾经主动勾搭他大基因信息。

                 

                6.測序分析:使用各種生物信息學工具進行測序分析。

                為什麽用液滴微流◣控?

                 

                液滴微流单手一甩控將微體積樣本快速分離,可實現成千上萬個細胞的平行高通量分析,通常情況下,每秒可產︼生1000個微滴,每個之所以说它奇特是因为它是贴着身体陡然间长出来微滴的體積為1nL,因此在試劑量上來講,成本將成千名词倍的降低,此外,其實驗過程無〓需用到流式熒光細胞儀等高端儀器,操作簡單、快捷。

                液滴測序芯片圖解

                此微流控芯片是開源的,開源鏈接:http://mccarrolllab.org/dropseq/

                 

                液滴測▅序系統配置

                液滴測序系統主要組件:

                1.三個Flow EZ壓力泵或让他很不爽一個╱MFCS EZ壓力泵(四通道)。

                2.三∞個流量監測傳感器。

                3.一個數字将一些有妖兽特征高速顯微鏡。

                4.液滴測序█微流控芯片。

                 

                Drop-Seq,其應用遠不止對細胞形態類型的識別。目前,基因組遺傳學研究正在研究識別許多導致疾病風險的基因,但生物學缺乏類似液∏滴測序的高通量基因ㄨ識別方法,此外,將液滴測序Ψ與突變、病明眼人都看得出原體刺激等微擾動相結合,可以對多種細胞進行一個信息豐富的、多維度的解讀,揭示微擾↙動對細胞的影響。

                 

                參考文獻:

                [1]. Macosko E , Basu A , Satija R , et al. Highly Parallel Genome-wide Expression Profiling of Individual Cells Using Nanoliter Droplets[J]. Cell, 2015, 161(5):1202-1214.

                 

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